Fiji ImageJ for Mac v2.3.0 专业的科研图像处理软件

教育教学 2022-07-12 兼容M芯片专属

Fiji ImageJ for Mac是Mac宇宙搜集的一款 Mac上的专业的科研图像处理软件，这个名字其实就是：Fiji is just ImageJ 的首字母。今天和大家分享最新的 2.3.0 版本。Fiji和ImageJ1的区别就是：Fiji自动包含了各种有用的插件，而ImageJ1需要手动安装插件，Fiji易于安装，并具有自动更新功能，捆绑了许多插件，并提供全面的文档。在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用！

应用介绍

Fiji是一个图像处理包——ImageJ2的“包含电池”发行版，捆绑了许多有助于科学图像分析的插件。

欢迎来到 ImageJ2！
ImageJ2 旨在扩展 ImageJ 的功能，使其超越 ImageJ 1.x 的限制，以支持下一代多维科学成像。
为了确保向后兼容性，我们将 ImageJ2 设计为完全集成到现有的 ImageJ 用户界面中。这使您可以继续以熟悉的方式使用 ImageJ，同时提供根据需要迁移到更强大的新功能的能力。
ImageJ 的 Fiji 发行版与 ImageJ2 的 beta 版本一起发布已经有一段时间了，因此您可能已经熟悉 ImageJ2 的一些功能——其中一些功能，例如 Updater 和 Launcher，最初是作为 Fiji 的一部分开发的。
ImageJ2 的特点
ImageJ2 提供了丰富的新特性和功能：
ImageJ 更新器使保持您的 ImageJ 保持最新状态变得简单，并通过启用其他更新站点来添加新插件。
通过 SCIFIO 库提供新的和增强的文件格式支持（见下文）。
更强大的脚本编辑器，支持多种脚本语言。
新命令：
插件 > 调试 > 转储堆栈，用于在挂起时进行调试）。
插件 > 调试 > 系统信息，用于报告已安装插件和库的版本。
使用 ImageJ2 的基于 ImgLib2 的 N 维数据结构（仍处于测试阶段）。
编写参数化命令和脚本：
类型化的输入和输出不依赖于 AWT 用户界面。
混合和匹配 ImageJ 1.x 和 ImageJ2 数据结构。
插件自动出现在菜单中，没有 plugins.config 文件。
在许多情况下可重复使用：KNIME、CellProfiler、OMERO、无头……
ImageJ2 不仅仅是一个应用程序
ImageJ2 也是建立在 SciJava 软件堆栈上的可重用软件库的集合，使用强大的插件框架来促进快速开发和无痛的用户定制。
以下软件组件库构成了 ImageJ2 的核心：
ImageJ Common – 使用 ImgLib2 的核心图像数据模型。
ImageJ OPS – 可重用图像处理算法的可扩展框架。
ImageJ Updater – 一种在 ImageJ 中更新单个插件和库的机制。
ImageJ Legacy – 提供与 ImageJ 1.x 的完全向后兼容性。
SciJava Common – 插件、模块和应用程序本身的核心框架。
使用 SCIFIO 库改进图像 I/O
ImageJ2 默认使用 SCIFIO 库（科学图像格式输入和输出）来处理大多数图像输入任务。您可以随时通过运行编辑 > 选项 > ImageJ2 并修改打开文件时使用 SCIFIO 选项来更改此行为。
使用 SCIFIO 的好处
SCIFIO 专注于对读取和写入图像文件格式的强大且可扩展的支持。将它与 ImageJ 一起使用提供了许多优点：
无需调用专门的 SCIFIO 插件；它适用于“文件”>“自动打开”等命令。
通过 `File > Import > Image…` 命令可以使用其他导入选项。
有一个用于 SCIFIO 的 Bio-Formats 插件，包含在 ImageJ 的斐济发行版中，它增加了对一百多种生命科学文件格式的自动支持。
其他 SCIFIO 文件格式插件可以放入 ImageJ 中，并且也将自动运行。
与 ImageJ 1.x TIFF 实现不同，SCIFIO 对 TIFF 的支持遵循规范，允许成功读取更多种类的 TIFF。
同样，SCIFIO 支持更多种类的 JPEG 文件，因为它使用自己的 JPEG 解码器。
SCIFIO 还支持多种 QuickTime 编解码器，即使在没有 QuickTime for Java 的情况下，ImageJ 也可以在 64 位模式下读取 QuickTime MOV 文件。
SCIFIO 支持许多开箱即用的其他打开文件格式：
动画 GIF
动画PNG
封装后记 (EPS)
JPEG-2000
微管理器数据集
多图像网络图形 (MNG)
近乎原始的栅格数据 (NRRD)
检查员 OBF
OME-TIFF（多维丰富元数据 TIFF）
OME-XML
PCX
PICT（即使在 64 位模式下和/或未安装 QuickTime for Java）
如果 SCIFIO 无法处理图像文件，它会退回到 ImageJ 1.x。
您可以使用 `File > Export > Image…` 命令保存为 SCIFIO 支持的文件格式。支持的导出格式包括：
APNG
AVI
每股收益
集成电路
JPEG
JPEG2000
快速时间
国际电影节
SCIFIO 的当前限制
SCIFIO 仍处于测试阶段，因此错误的发生率可能更高。可以在 SCIFIO 问题跟踪器上报告问题。
尽管我们力求完全向后兼容，但某些文件在打开时可能会略有不同。
使用 SCIFIO 打开文件还不能完全录制宏